دستگاه کروماتوگرافی مایع-اسپکترومتری جرمی (LC-MS یا LC-MS/MS) برای جداسازی، اندازه گیری و شناسایی ترکیبات غیر فرار نظیر سموم، داروها، آنتی بیوتیکها، پروتئین ها و … کاربرد دارد. یکی از کاربردهای مهم دستگاه LC-MS یا دستگاه LC-MS/MS شناسایی ساختار مولکولی و تعیین جرم مولکولی ترکیبات است، بخصوص در حوزه پروتومیکس.
در این دستگاه، ترکیبات بعد از خروج از HPLC وارد اسپکترومتری جرمی می شوند که بلافاصله بعد از ورود، در منبع یونیزاسیون اسپکترومتر جرمی، حلال فاز متحرک حذف شده و مولکولهای ترکیبات به صورت یون وارد فضای داخلی اسپکترومتر که تحت خلأ است می شوند. سپس یونها در آنالیزورهای جرمی بر اساس اختلاف جرم به بار از هم جدا شده و در نهایت در دتکتور تولید سیگنال می کنند.
مدل های مختلفی از اسپکترومتر جرمی وجود دارند که تفاوت اصلی آنها در نوع آنالیزور بکار رفته در طراحی آن است. متداولترین آنالیزورهای مورد استفاده در اسپکترومترهای جرمی دستگاه های LC-MS عبارتند از:
آنالیزور چهارقطبی (Quadrupole)
آنالیزور زمان پرواز (TOF: Time of fight)
آنالیزور ترپ یونی (Ion trap)
آنالیزور اوربی ترپ (Orbitrap)
اختلاف اساسی این آنالیزورها در قدرت تفکیک جرمی (Resolution) آنها است که باعث می شود تا هر کدام از آنها در حوزه متفاوتی کاربرد داشته باشند.